أصبحت جماعة الإخوان المسلمين لها الدور الكبير في تمويل الإرهاب ونشر الفوضى والمروِّج الأكبر لتهريب المخدرات إلى محافظات الجنوب، فقد تعددت الوسائل والطرق التي تستخدمها الجماعة وعلى رأسها العجوز علي محسن الأحمر المموِّل الرئيسي للإرهاب في الجنوب خاصة، وهذا الدعم يجعل الإرهاب مرتبطاً بجماعة الإخوان.
لقد لجأت جماعة الإخوان المسلمين إلى الإرهاب لتصفية الخصوم السياسيين والاستيلاء ونهب ثروات الجنوب.
إن زعيم تنظيم القاعدة والداعم الرئيس للإرهاب علي محسن الأحمر قد تربَّع على عرش الجريمة والإرهاب والجهل ورذائل الأخلاق منذ عقود، حيث سيطر على تجارة المخدرات ، وأسس عصابات الإجرام والإرهاب في الجنوب.
لقد استخدمت جماعة الإخوان الإرهابية سيئون مقراً رئيسياً للجماعات الإرهابية ومركزاً لتصدير الحشيش ومنها الشبو القاتل إلى محافظات الجنوب، وارتبط علي محسن الأحمر بالجهاديين الذين جندهم للقتال في أفغانستان قبل أن يعودوا إلى اليمن ويشاركوا في الحرب التي شنَّها تحالف نظام صنعاء على الجنوب صيف العام 1994م، وقد ترك الأحمر قيادة الفرقة الأولى مدرع التي لم تقاتل الحوثيين في أواخر سبتمبر أيلول من العام 2014م، وفرَّ بمساعدة السفير السعودي محمد آل جابر إلى الرياض والتي ظل فيها مختفياً عن الأنظار إلى أن ظهر في مطلع العام 2016م، قبل شهور من تنصيبه نائباً لهادي.
وقبيل عزل الأحمر، كانت القاعدة قد اعتقلت موظفين لدى الأمم المتحدة ومنظمة أطباء بلا حدود العالمية، في أبين وحضرموت، وبعد عزله في السابع من أبريل نيسان الجاري، اختطف التنظيم شاحنة تابعة لقوات العمالقة الجنوبية في أبين، قبل أن تعلن سلطات حضرموت فرار سبعة من أبرز أمراء التنظيم الكبيرة .
كما قام الأحمر بتعيين قادة ألوية عسكرية مواليين له، وتم تجنيد معظم الأفراد في تلك الألوية وهي عناصر متطرفة ومن ضمن القادة المدعو أمجد خالد ، حيث ما زال الإرهابي أمجد خالد يرسل ويموِّل العناصر الإرهابية في الجنوب ويستهدف القيادات الجنوبية والتي حاولت تلك العصابات الإجرامية القيام بمحاولة اغتيال محافظ العاصمة عدن أحمد حامد لملس وقامت باغتيال اللواء جواس وغيرها.
وآخر عملية إرهابية قامت بها العناصر الإرهابية هي اختطاف مسؤول الإمداد والتموين في الحزام الأمني بلودر في أبين.